Odbor ministrov deluje na več ravneh.
Srečanja ministrov in njihovih namestnikov urejata Statut Sveta Evrope in pravila Poslovnika.
Na srečanjih enkrat letno ministri ocenijo evropsko sodelovanje in aktualne politične razmere.
Namestniki, ki delujejo v imenu ministrov, opravljajo večino vsakodnevnih nalog Odbora ministrov.
Imajo posebna srečanja, ki se nanašajo na človekove pravice (izvrševanje sodb) in za nadzor izvajanja obveznosti.
Od septembra 1999 srečanja namestnikov ministrov potekajo vsak sredo.
Predsednik v Odboru ministrov se zamenja vsakih 6 mesecev, po vrstnem redu angleškega zapisa imena države članice. Zamenjava predsedstva poteka marca in novembra. Država, ki predseduje Odboru ministrov sočasno predseduje tudi celotni organizaciji.
Urad je bil ustanovljen leta 1975 za pomoč namestnikom. Od maja 2001 je sestavljen iz šestih članov. Predsednika, dveh preteklih predsednikov in treh sledečih.
Urad se sestaja približno dvakrat mesečno, izvaja upravne in poslovne funkcije, vključno s pripravljanjem sestankov Odbora ministrov. Uporablja se tudi kot forum za diskusije o koordiniranju akcij za sledeče predsedovanje, še posebej pa se posveča osnovanju in izvajanju njihovih programov. Odgovorost za zagotavljanje kontinuitete med predsedovanji in programi je dana podpredsedniku namestnikov v sodelovanju s Sekretariatom Odbora ministrov.
Sistem poročevalcev je bil uveden leta 1985 s strani namestnikov ministrov. Skupine pomagajo pripravljati sestanke namestnikov. Sestavljene so iz namestnikov ministrov, ki jih večkrat nadomeščajo namestniki, pomagajo pa jim tudi člani Sekretariata.
Skupina poročevalcev je bila reorganizirana 1999.
Delovne skupine so organizirane ad hoc za reševanje specifičnih problemov v omejenem času.
